El Santuario de la Congregación de Clérigos Seculares de Nuestra Señora de Guadalupe tiene más de 300 años de construido, pues fue dedicado en mayo de 1668.
Actualmente luce un elegante estilo neoclásico, conservando el magnífico órgano y una rica y hermosa sacristía de estilo barroco churrigueresco en el que fue construido.
Tiene una magnífica sala capitular de los congregantes con más de 28 óleos de los eclesiásticos más destacados que pertenecieron a ella, en tamaño natural y la mayoría del siglo XVIII. Entre ellos está el Bachiller Presbítero don Juan Caballero y Osio, a quien está dedicada una calle y un monumento en esta Ciudad de Querétaro.
En el altar mayor, de este santuario se venera un óleo de la Guadalupana, del pincel de Miguel Cabrera, conocido pintor oaxaqueño.
Pues bien, en este precioso santuario de la Congregación, los queretanos continúan con la tradición centenaria de prepararse al 12 de diciembre rezando los 46 rosarios a la Virgen de Guadalupe, uno por cada estrella de su regio manto. Los rosarios empiezan el lunes 28 de octubre. Esta tradición es muy querida para los antiguos queretanos, que a pesar de haberse mudado del centro a las nuevas colonias, acuden a diario a visitar a la Virgen de Guadalupe a la Congregación. Un santuario es un título que se da a un templo en donde se manifiesta especialmente la presencia de Dios, en este caso a través de la Santísima Virgen, Madre de Dios.
Invitamos a todos los nuevos queretanos, que en los últimos años, han llegado de muchas partes de la República, a que conozcan esta joya arquitectónica del barroco y del neoclásico, y que experimenten la presencia de la Santísima Virgen participando en el rezo de los 46 rosarios con los que dan tradicionalmente inicio las fiestas de la Virgen de Guadalupe en el centro histórico de la ciudad de Querétaro.
Pueden acudir al Santuario de la Congregación desde las 6:30am hasta las 10 pm de la noche y al rosario solemne, el cual se lleva a cabo a las 7 de la noche.
Finalmente, al salir de rosario los queretanos acostumbramos comernos un delicioso buñuelo con un rico atole blanco, bien calientito, muy bueno para estos tiempos de frío.
Cómo nota histórica sobre el nombre del Santuario de la Congregación, sabemos que los sacerdotes diocesanos de la ciudad de Querétaro, que en el siglo XVII pertenecía al arzobispado de México, fundaron una asociación para honrar a la Virgen de Guadalupe. La mayoría de ellos eran criollos, es decir, hijos de españoles, nacidos ya en la Nueva España. Como eran de familias pudientes lograron construir con su propio peculio un magnífico templo a la Virgen de Guadalupe, el segundo edificado en la nación mexicana.